Organe društva čine 3 tijela, a to su skupština, nadzorni odbor i uprava.

Skupština

Skupštinu društva čine članovi društva, i to: Grad Šibenik, Republika Hrvatska, Fond za zaštitu okoliša i energetsku učinkovitost te Hrvatske vode.

Predsjednik Skupštine Društva je gradonačelnik Šibenika dr. Željko Burić.

Nadzorni odbor

Nadzorni odbor  je tijelo koje nadzire vođenje poslovanja Društva i zastupa Društvo prema Upravi. Sastoji se od tri člana, od kojih dva imenuje Grad Šibenik, a jednog člana Republika Hrvatska.

Članovi Nadzornog odbora su:

• Jelena Šahirovska - predsjednica Nadzornog odbora,
• Robert Šupe - zamjenik predsjednice Nadzornog odbora te  
• Gustav Červar - član Nadzornog odbora.

Uprava

Upravu Društva čini jedan član (direktor), kojeg imenuje Skupština Društva na temelju provedenog javnog natječaja, na mandat od četiri godine.

Nina Kursar, direktorica Društva